影响因素有：认证机构评估的可行性；认证实施的难易程度和规模；森林经营单位管理体制的效果和透明度；森林经营单位的大小、管理结构的复杂程度、生物多样性的丰富程度、社会环境的多样性以及有关活动记录的清晰程度。一般来说，热带雨林的认证费用要**温带林，**林的认证费用要**人工林。

间接费用又称可变费用，它与认证单位实施的森林经营体系质量有关。良好的森林经营体系就不必对现有的森林经营长远规划、森林作业操作规程做大的调整，也不必为培训、森林经营等进行更大的投入，从而减少为通过认证而在这些方面所支付的费用。

需要注意到就是FSC认证费用与认证森林的规模相关。在同等经营水平下，规模小的森林比规模大的森林的认证费用要高。